En 1941, José Maria fue enviado como nuevo coadjutor de la parroquia de San Juan Bautista de Mondragón, villa industrial partida en dos por la traumática experiencia de la guerra.
La contienda había separado a sus vecinos que sufrían, además, los rigores de la nueva guerra mundial que vivía Europa, que convertían aquellos años en un tiempo de hambre, pobreza y todo tipo de privaciones.
Rápidamente el joven prestó atención a los jóvenes de la villa, con el fin de encontrar entre elllos aliados con los que liderar una nueva espiritualización del mundo del trabajo. Comenzó, así, una predicación muy intensa, tanto en la iglesia de la que era coadjutor como en el Centro de Acción Católica en el queformaba a los jóvenes mondragoneses.
El amor que vertió en estos ámbitos se fundaba, como recordaria Antonio Oyarzabal, principalmente en la eucaristia. Cuidaba con rigor todos los detalles de ese sacramento, que constituia su sanción diaria de la ofrenda que había hecho a Dios en la víspera de su ordenación: » desde hoy quiero ser en todo Cristo y nada más que Cristo»
