Se incorporó al Seminario Menor de Castillo Elejabeitia a los 12 años, en setiembre de 1927, para estudiar sobre todo latín y cultura general. Cuatro años más tarde, en 1931, se incorporó al recién inaugurado Seminario Conciliar de Vitoria donde estudió Filosofía y Teología. Estudios que tuvo que interrumpir al estallar la Guerra Civil de 1936 cuando era época de vacaciones.

Dedicó el paréntesis de la guerra a continuar los cursos de seminarista, primero en Bilbao compaginando como «gudari» sus servicios en el periódico Eguna en el que firmaba, aún con 21 años, con el seudónimo de Arretxinaga.

Cuando José Maria llegó al Seminario habilitado en Bergara, cerrado el de Vitoria por causa de la guerra, encontró allía Rufino Aldablade. En su magisterio el joven descubrió el camino definitivo hacia el sacerdocio social.

En la pequeña comunidad de seminaristas vascos con la que convivió se mantuvo fiel al consejo capital que recibió, junto al resto de compañeros movilizados, de Aldabalde:»todo capítulo depenas, dolores y privaciones que la guera habrá esculpido en tu alma no serán fuerzas perdidas, sino ocasiones más propicias para fecundizar tu vida. Lo esencial es que no pierdas de vista el fin.