12 urterekin Arteagako Apaizgaitegi Txikian sartu zen, 1927ko irailean, batik bat latina eta kultua orokorra ikasteko. Lau urteren buruan, 1931n, Gasteizko Kontzilio Apaizgaitegi inauguratu berrian hasi zen, eta Filosofia eta Teologia ikasi zuen. Ikasketak haiek, ordea, bertan behera utzi behar izan zituen, 1936an Gerra Zibila lehertu zenean, oporretan zeudela.

Gerrako parentesian apaiz izateko ikastaroetan jarraitu zuen, lehendabizi Bilbon, eta gudari moduan bere zerbitzuak bateratuz Eguna egunkariko zereginean; 21 urte zituen, eta Arretxinaga ezizenarekin izenpetzen zuen. Gerora, jada artilleriako laguntzailea zelarik, Burgosen ikasten jarraitu zuen, eta Bergarako Apaizgaitegian egin zituen azterketak, Gasteizko Apaizgaitegia gerrako ?odol ospitale? bihurtuta baitzegoen.

Gerra Zibilaren eraginez urtebetez atzeratu behar izan zuen apaizteko ekitaldia, eta azkenean 1940ko abenduaren 21ean kontsakratu zen. 1941eko urtarrilaren 1ean eman zuen bere lehenengo meza Barinagako San Pedron, Apaizgaitegi Txikian sartu eta 13 urte eskas igaro eta gero. Artean 25 urte zituen.

Jose Maria Bergaran prestatutako seminariora iritsi zenean – Gasteizekoa itxita zegoen gerraren ondorioz – Rufino Aldabalde zurkitu zuen han. Haren irakaspenetan, gazteak abadetza sozialerako behin betiko bidea aurkitu zuen. Eta abadetza hura apaiz ideal zorrotz batean funtsatzen zen. “Bizitzak etengabeko meza bat izan behar du”, azpimarratzen zuen behin eta berriz Aldabaldek, “gugan dagien guztia Jainkoarena, arimena da, ez gara guretzako apaiz”.

Euskal apaizgaien komunitate txiki batean bizi zelarik, mobilizatutako gainerako kideekin batera, Aldabalderen funtsezko aholku hau jaso zuen: ” Gerrak zure ariman zizelatzen dituen pena, min eta estualdi guztiak ez dira galdutako indarrak izango, zure bizitza emankor bihurtzeko aukera aproposagoak baizik.